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http://www.bdtd.uerj.br/handle/1/20487
Tipo do documento: | Dissertação |
Título: | Uma Proposta para Análise da Prevalência de Alelos HLA em Pacientes com COVID-19 |
Título(s) alternativo(s): | A Proposal for Analysis of the Prevalence of HLA Alleles in Patients with Covid-19 |
Autor: | Mendes, Gabriel Pereira |
Primeiro orientador: | Sena, Alexandre da Costa |
Segundo orientador: | Pôrto, Luís Cristóvão de Moraes Sobrino |
Primeiro membro da banca: | Cardoso, Juliana Fernandes |
Segundo membro da banca: | Leite, Karla Tereza Figueiredo |
Resumo: | Os sistemas de informação SIVEP-Gripe e e-SUS são utilizados para registrar notificações de casos de COVID-19. Enquanto o SIVEP-Gripe é um sistema de vigilância para registrar casos generalizados de Síndrome Respiratória Aguda Grave (SRAG), que inclui também casos graves de infecções ou óbitos causados pelo SARS-CoV-2, o sistema e-SUS foi criado durante a pandemia para registrar casos suspeitos ou confirmados de COVID-19. Além disso, o Ministério da Saúde do Brasil também conta com base de dados com as características genéticas de doadores de células tronco hematopoéticas (REDOME), onde a compatibilidade desses genes, além ter um papel fundamental no processo de rejeição, está diretamente ligada a resposta imunológica para patógenos (vírus, bactérias e protozoários). Assim, a partir dos registros dessas bases de dados, o objetivo central deste trabalho é, em primeiro lugar, gerar uma base de dados confiável para um Estudo Caso-Controle (ECC) da frequência de alelos HLA em pacientes com COVID-19, e, em seguida, realizar a análise da frequência de alelos HLA na base SIVEP-Gripe em relação a base e-SUS. Este trabalho apresenta todas as etapas necessárias para atingir esse objetivo e, em especial, propõe, implementa e avalia um algoritmo de pareamento para criar uma base de controle homogênea, a partir das características dos registros da base de casos. Por fim, o trabalho apresenta a prevalência de alelos HLA para pacientes com COVID-19 do estado de Minas Gerais. Os resultados mostram que o algoritmo proposto é capaz de gerar bases comparáveis em número de casos e controle proporcionais para cinco variáveis (i.e. local, idade, etnia, período de testagem e tipo de teste) e que existem diferenças na distribuição dos grupos alélicos em função do campo raça/etnia, onde o alelo B*51 tem uma chance maior de oferecer proteção, enquanto que o alelo A*36 aumenta o risco para a COVID-19. |
Abstract: | The SIVEP-Gripe and e-SUS information systems are used to record COVID-19 notifications. While SIVEP-Gripe is a surveillance system to record cases of Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) that also include serious cases of infections or deaths caused by SARS-CoV-2, the e-SUS system was created during the pandemic to register suspected or confirmed cases of COVID-19. In addition, the Brazilian Ministry of Health also has a database with the genetic characteristics of hematopoietic stem cell donors (REDOME), where the compatibility of these genes, in addition to playing a fundamental role in the rejection process, is directly linked to the immune responses to pathogens (viruses, bacteria and protozoa). Therefore, based on the records from these databases, the main objective of this work is, firstly, to generate a reliable database for an Case-Control Study (CCS) of the prevalence of HLA alleles in patients with COVID-19, and then to carry out the analysis of the frequency of HLA alleles. This paper presents the necessary steps to achieve this objective and, in particular, proposes, implements and evaluates a matching algorithm to create a homogeneous control base, based on the characteristics of the case base records. Finally, this work presents the prevalence of HLA alleles for patients with COVID-19 in the state of Minas Gerais. Results show that the proposed algorithm is able to generate comparable bases in number of cases and control proportional for five variables (i.e. location, age, ethnicity, testing period and test type) and that there are differences in the distribution of alleles groups according to the race/ethnicity field, where the B*51 allele has a greater chance of offer protection, while the A*36 allele increases the risk for COVID-19. |
Palavras-chave: | Algoritmos de computador Antígenos HLA COVID-19 (Doença) Saúde - Processamento de dados Algoritmo de Pareamento |
Área(s) do CNPq: | CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::METODOLOGIA E TECNICAS DA COMPUTACAO CIENCIAS BIOLOGICAS::FARMACOLOGIA::FARMACOLOGIA GERAL::FARMACOCINETICA |
Idioma: | por |
País: | Brasil |
Instituição: | Universidade do Estado do Rio de Janeiro |
Sigla da instituição: | UERJ |
Departamento: | Centro de Tecnologia e Ciências::Instituto de Matemática e Estatística |
Programa: | Programa de Pós-Graduação em Ciências Computacionais |
Citação: | MENDES, Gabriel Pereira. Uma Proposta para Análise da Prevalência de Alelos HLA em Pacientes com COVID-19. 2023. 55 f. Dissertação( Mestrado em Ciências Computacionais) - Instituto de Matemática e Estatística, Universidade do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 2023. |
Tipo de acesso: | Acesso Aberto |
URI: | http://www.bdtd.uerj.br/handle/1/20487 |
Data de defesa: | 13-Mar-2023 |
Aparece nas coleções: | Mestrado em Ciências Computacionais |
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